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毛細管柱分析故障排除方法包括：

1. 未接入檢測器或檢測器不起作用：檢查設定值。

2. 進樣溫度太低：檢查溫度，并根據需要調整。

3. 柱箱溫度太低：檢查溫度，并根據需要調整。

4. 無載氣流：檢查壓力調節器，并檢查泄漏，驗證柱進品流速。

5. 色譜柱斷裂：如果柱斷裂是在柱進口端或檢測器末端，是可以補救的，切去柱斷裂部分，重新安裝。

6. 前沿峰：色譜柱超載，減少進樣量；兩個化合物共洗脫，提高靈敏度和減少進樣量，使溫度降低10~20度，以使峰分開；樣品冷凝，檢查進樣口和柱溫，如有必要可升溫；樣品分解，采用失活化進樣器襯管或調低進樣器溫度。

7. 拖尾峰：進樣器襯套或柱吸附活性樣品：更換襯套。如果結果很好，就提高靈敏度或加大注入量；柱箱溫度過高：檢查溫度，并根據需要調整；柱不能從溶劑峰中解析出組分：將柱更換成較厚涂層或不同極性；載氣泄漏：檢查泄漏處（用肥皂水）；樣品被柱或進樣器襯套吸附：更換襯套。

8. 進樣不出峰：漏氣，檢查進樣隔墊、柱子兩端的接頭以及放空針形閥前的連接處是否漏氣；火焰熄滅，調節氫氣或尾吹氣流量的大小，看記錄筆是否向一邊偏移，如筆不動，說明火熄了或火沒點著；電路不正常，離子線、放大器、記錄儀連線接錯或接觸不好，放大器有問題；系統堵塞，在上述情況均正常時應懷疑系統堵塞，樣品沒有進到檢測器，先檢查柱后是否有氣流通過，如果沒有氣流通過，可能柱子堵塞；靈敏度太低，可能高壓沒加上，絕緣不好等儀器本身的問題；另外，柱子從中間斷開、樣品濃度大低、放空流量太大、注射針堵塞等原因都可能造成不出峰。