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非極性氣相色譜柱和極性氣相色譜柱在多個方面存在明顯的差異。

1. 固定液種類：非極性氣相色譜柱的固定液主要包括烴類和硅氧烷類，而極性氣相色譜柱的固定液主要是聚乙二醇類。

2. 分離順序：非極性柱的分離順序主要是根據試液沸點，而極性柱的分離順序除了沸點之外還和物質的極性有關系。這意味著極性氣相色譜柱在分離極性物質方面更具優勢。

3. 使用溫度：非極性色譜柱的使用溫度范圍較廣，可以在50-350℃之間，而極性色譜柱的使用溫度則較低，一般在50-250℃之間。這表明非極性色譜柱能夠承受更高的溫度，這對于一些需要在高溫條件下進行分析的樣品來說是重要的。

4. 應用范圍：非極性氣相色譜柱主要應用于分析非極性化合物，如烴類、酮類、醇類、醚類、芳香烴等，而極性氣相色譜柱則應用于分析極性化合物，主要是聚乙二醇類。

總的來說，非極性氣相色譜柱和極性氣相色譜柱各有其特性和應用范圍，需要根據待測物質的性質和實驗條件選擇合適的色譜柱。